In 1886 vond een kerkscheuring plaats waarbij een aantal hervormden de kerk verlieten en de Nederduits Gereformeerde Kerk oprichtte. Een jaar later namen de afgescheidenen een klein kerkje in gebruik gelegen aan de Emmastraat (thans Loosduinse Hoofdstraat).
In 1892 vormden zij samen met een aantal andere afgescheiden protestanten de Geformeerde Kerk. Aangezien er behoefte was aan een grotere gebedsruimte, werd aan de Wilhelminastraat (thans ook Loosduinse Hoofdstraat) een stuk grond gekocht. De zeven huisjes die er stonden, werden gesloopt en werd de Wilhelminakerk gebouwd en op 29 november 1899 ingewijd.
Reeds in 1957 werden al plannen gesmeed om in verband met de vernieuwing van het dorpscentrum de kerk te slopen. De Geformeerde Gemeente kreeg in de Aaltje Noorderwierstraat de beschikking over een stuk grond alwaar de Ontmoetingskerk kon worden gebouwd, die op 30 juni 1969 in gebruik werd genomen. In verband met de restauratie van de Dorpskerk werd de kerk tot de sloop in 1972 gebruikt door de Hervormde Dorpsgemeente.
